Eu não gosto muito de usar esse argumento de venceu personagem X, então vai vencer personagem Y, ou venceu personagem X em uma versão e automaticamente vai vencer novamente em uma versão potencializada. Acho isso um argumento muito raso e sem sentido, já que existem formas muito mais palpáveis de você comparar e simular um possível confronto entre personagens.
Da mesma forma que Nagato Edo venceu Naruto KM 1.0 e Bee, Pain perdeu para o Naruto SM.
Para isso que existe contexto. Pain estava nerfado, com o Pain principal sem poderes em boa parte da luta. Naruto tinha conhecimento de cada um dos Pains, tinha clones em SM preparados para uso e ainda teve uma certa forçação de roteiro em diversos pontos. E mesmo assim, foi necessário chegar ao ponto da Kurama 8 caudas ser manifestada e do Minato intervir trazendo o Naruto de volta ao SM para Pain ser derrotado (e nem sabemos como seria um confronto de Nagato vs Naruto ali no finap). Porém, Naruto também não tinha domínio completo do Sennin Mode e não podia se fundir a Fukasaku e Shima.
A luta Edo idem. Naruto não podia usar Kage Bunshins e nem cogitou usar o Sennin Mode e o Nagato era uma marionete com pernas danificadas, inconsciente, 100% controlado por um cara que sequer sabia todos os seus poderes, quem dirá a forma correta de utilizá-los da mesma forma que o Nagato o faria. E mesmo assim, o Nagato com esses nerfs só precisou usar o BÁSICO dos seus poderes para quase matar Naruto KM 1.0 e Bee, sendo um sem Modo Bijuu completo e o outro sem Kage Bunshins/Sennin Mode.
Esse é o contexto daquela batalha. Essa aqui ABSOLUTAMENTE NADA tem haver com ela, seja para o Nagato (que tem acesso pleno a todos os seus poderes), seja ao Naruto, que está em uma versão muito mais poderosa que aquela.
Eu acho que é um confronto totalmente equilibrado, quando se destrincha as habilidades de cada um. E estou analisando Nagato vs Naruto mesmo, com ou sem Pain na jogada. Não irei entrar em detalhes porque já o fiz em um outro tópico desses nem tem tanto tempo.