Goku no narutoverse:
Como Ootsutsuki,Goku já teria um byakugan + a habilidade de voo + quantidade de chakra bem acima da média,acredito que ele ainda sofreria preconceito(afinal ele seria um alienígena),mas no geral acredito que ele seria bem mais forte do que o Naruto foi no início do clássico,quem sabe até derrotando Haku sozinho e sem grandes dificuldades.
as coisas teriam maiores mudanças nos esxames chuunin pra frente,como Jiraya não é padrinho de Goku não sei se o sábio tarado treinaria ele,porém o mais provável é que ele treine elementais básicos com o Hiruzen (afinal o velho seria o mais próximo dele nesse momento) ou taijutsu com os hyuugas por possuir um doujutsu igual.É provável que ele também faça amizade com o Gaara porém com um discurso diferente.
Depois disso as coisas seriam mais ou menos iguais até a 1º luta contra Sasuke no vale do fim,Goku teria bem mais chances de vencé-lo e provavelmente o levaria de volta a vila a força.
Depois do timeskip Goku provavelmente se tornaria nível,o resgate do Kazekage ocorreria de forma parecida com a original,com a diferença que Deidara morreria,e que provavelmente Goku conseguiria capturar Orochimaru com a ajuda do time 7.
No geral Goku seria mais forte do que o Naruto base seria,considerando que Goku treina constantemente seu poder e essa diferença aumentaria mais na guerra caso Goku receba o modo RSM do hagoromo.
Naruto no Dbverso:
Considerando que até onde sabemos Vegeta era o saiyajins mais forte de seu tempo(Broly era uma anomalia única) vamos considerar que o saiyajin selado em Naruto seria igualmente forte.
Acredito que Naruto,teria um poder bastante parecido com o de Goku no início,as coisas seriam diferentes na hora de se transformar pois Naruto precisaria da fúria para acessar a transformação oozaru ou o poder saiyajn,ele provavelmente perderia o 21º torneio por causa disso e teria mais dificuldades para derrotar a red ribbon,mas acho que ele teria mais facilidade de acessar esse poder na saga Piccolo Daimaoh para frente.
Com a chegada de Raditz,naruto saberia mais sobre o tal saiyajin que veio a Terra,ele provavelmente morreria com ou sem a ajuda do filho(Gohan).
No outro mundo Naruto treinaria para controlar totalmente o poder desse saiyajin e aprenderia as mesmas técnicas de Goku,na chegada dos Saiyajins Naruto derrotaria nappa mais facilmente e conseguiria subjulgar Vegeta até ele se transformar em oozaru,Naruto utilizaria o poder do saiyajin e também
se transformaria em oozaru,ele derrotaria Vegeta e o pouparia assim como na história original.
Em Namek a história seria quase a mesma(Gohan seria bem mais fraco por não ter sangue saiyajin) até a luta contra Freeza como Naruto não sofre zenkais precisaria quae que totalmente do poder do saiyajin e do kaioken,ele também dependeria do sentimento que o saiyajin sentiria após a morte do Kuririn para virar ssj,eu pessoalmente acho que as chances dele vencer seriam poucas.