Então, em relação a interação entre as habilidades e conceitos, não há nada concreto que seja intrínseco ao fato de Beerus ser uma divindade. Dragon Ball não chegou a explorar essa brecha, mas supondo que seja uma habilidade própria do personagem, assim como qualquer outra situação, o ki divino daria um boost nesse ponto, elevando o patamar dessa habilidade exótica do bichano.
No caso do Beerus existe um limite. Como em Dragon Ball boa parte das situações giram em torno da escala de poder, Beerus jamais conseguiria anular energia de seres superiores. Por exemplo, um Hakai que é capaz de literalmente apagar o corpo e até mesmo espírito é incapaz de causar danos em oponentes superiores. Ele contido foi mostrado anulando uma energia que iria destruir o universo e até um pouco além disso, logo, Beerus em sua totalidade é ainda acima de um ser universal, portanto, pra essa habilidade do bichano não funcionar esse outro alguém teria que ser ainda acima do pupilo de Whis - espero não ter sido redundante.
Quando você diz sobre retirar fragmentos de uma divindade de um ser você se refere a que cena da obra? Me deu branco, confesso - talvez algo referente à saga de Poseidon, envolvendo o Julian Solo?
Em relação ao ponto do: "A tecnica em larga escala não seria energia concentrada apenas e sim ondas de choque que destroem tudo em seu caminho pela premissa da destruição de atomos (galaxias se colapsando)", é algo que dá até pra traçar um paralelo. A forma que tu descreveu é praticamente idêntica à cena do episódio 13: uma energia concentrada que se expandiu numa velocidade tão grande que alcançou o planeta do Kaioshin, esse mesmo planeta localizado fora do universo.
No fim das contas, pra concluir, mesmo em teoria sendo habilidades e conceitos diferentes, numa cross o pessoal costuma padronizar ki, chakra, cosmo energia, etc. para haver uma harmonia na luta, pelo menos na maioria dos tópicos (salvo exceções quando o próprio autor da cross sinaliza nas condições). Aqui, como não houve nenhuma situação sinalizando, eu padronizo também e enxergo o Deus da Destruição capaz de anular a EG...
Espero não ter entendido nada errado, mas se caso sim, me dê um toque.