Depende de sua composição e da sua quantidade de energia.
1) Se a Genki-Dama fosse composta por chakra, a capacidade de absorção do Nagato seria limitada somente pela quantidade de energia presente na técnica. Talvez fosse capaz de absorver algo pequeno como a que o Goku usou na Saga dos Saiyajins, a versão da Saga Namek pra frente já não dá pra considerar.
2) Se a Genki-Dama fosse composta por chakra senjutsu, o Nagato até poderia absorver, mas a quantidade de energia natural poderia transformá-lo em pedra.
3) Se a Genki-Dama é composta por Ki e se o Nagato não puder absorver Ki, ele não conseguiria absorver nada.