Nagato poderia ''copiar'' toda a Akatsuki com Shōten ?

Se de alguma forma ele tivesse adquirido o chakra dos membros então ele poderia ter clones de todos eles ?

Sim, sem nenhum problema.

A questão é que ele precisaria de subordinados para serem sacrificados e os Akatsukis voluntariamente iriam controlar os clones gerados (tal como Itachi e Kisame fizeram), a menos que ele tentasse forçar o controle com o Kokushin.

Mas como os clones utilizam apenas 30% de poder, não sei se seria viável para todos os Akatsukis terem esses clones. O próprio Itachi fake era bem limitado, só conseguia acessar elementais e jutsus do Sharingan nível 3. Já o Kisame, por ter muito chakra, conseguiu utilizar mais técnicas do seu arsenal.

A questão era sobre o controle mesmo e se de alguma forma Nagato conseguisse então seria uma técnica bem mais poderosa do que aparenta
Mesmo com os clones sendo limitados eles ainda podem usar habilidades de personagens bem versáteis
Seria uma defesa melhor pra aldeia dele do que aqueles ninjas comuns

Me pergunto a interação dessa técnica com os corpo imortal do Hidan e as mascaras do Kakuzu

Poder ele pode, mas, para que ele faria isso, os clones nao sao edo tenseis, path's ou marionetes que o nagato poderia controlar

Seria um nerf de chakra pros membros da akatsuki, um risco ja que poderiam ser atacados, fora que o nagato em si nao ganha nenhum upgrade