O tópico pode sim ser forçado mas você esta confundindo meritocracia com genética.
Seguindo a sua lógica de todo chakra vir da terra e da Kaguya, então o próprio Kakashi seria agraciado da mesma maneira e então a idéia que quebra esse raciocínio é a própria mutação que os personagens (Uchihas) sofrem para adquirir tais habilidades e então as aprimorarem. Agora a primeira pergunta que deveria ser feita é, Obito com o seu próprio poder (Kamui/3T), etc. seria superior ou inferior ao uso que o Kakashi realizou?
As habilidades do Kakashi com o MS/3T não são por sua suposta afinidade com ninjutsus e sim seu intelecto e treinamento para dominar o doujutsu.
Itachi não é superior apenas por ser Uchiha e sim por ele em si estar patamares acima até mesmo dos demais membros do clã em todos os quesitos. Mesmo a agraciada reencarnação de Indra estava abaixo dele até o momento do confronto dos dois ou quando foram colocados lado a lado frente ao mesmo oponente. Não é como se todos usuários de sharingan estejam no mesmo nível.
Mas a principal questão aqui se deve ao fato de você esquecer que as capacidades do Kakashi em ninjutsu se devem principalmente ao uso do Sharingan e este foi conhecido no mundo todo por ter copiado mais de mil jutsus (Copy Ninja no Kakashi) até a fama dele se deve ao Sharingan, com exceção de ser um habilidoso usuário de elementais Raiton, onde sua principal técnica só pode ser realizada efetivamente por causa especificamente do Doujutsu. Devemos tirar o mérito dele por isso também?
