Nagato independente da fase que seja não tem a capacidade que selar a Kurama sozinho. O que ele poderia fazer aqui seria enfraquecê-la. Ele poderia utilizar do Chou Shinra Tensei para nocautear a Bijuu e posteriormente invocar o Genkyu Kyuuin ou mesmo o Gakido para enfraquecê-la ainda mais.
Há de lembrar que isso não é algo tão complexo assim, visto que o Sanbi, por exemplo, foi enfraquecido durante 3 dias para permitir seu selamento dentro do Mazo após ser capturado pelo Deidara e Obito.
Então é plenamente possível o Nagato sair vitorioso em uma luta contra qualquer Bijuu (a exceção do Juubi), mesmo que não consiga selá-lo por conta própria.
O problema é lidar com o Obito nesse meio tempo. Ele não deixaria que algo assim acontecesse. E é muito perigoso usar o CST nessa batalha, pois apesar da Kurama ser vulnerável, o Obito não é. E nesse delay prolongado, o Obito teria bem mais facilidade em arrastar o Nagato para a Kamuiland.
E não acho que o Nagato da luta contra o Hanzo domine o Rikudo no jutsu por conta própria. Ele apenas usou uma forma bem primitiva do Shinra Tensei e invocou o Gedo Mazo, NADA além disso. O Nagato da Saga Pain não teria o menor problema em lidar com aquele Katon do Hanzo, ao contrário do Nagato ingênuo e ainda recém descobrindo suas habilidades do pós-morte do Yahiko.
Sendo o Nagato daquela batalha, aposto no Obito. Só vejo chances mais sólidas de vitória ao Nagato se ele precisar lidar com a Kurama primeiro para depois lidar com o Obito (parecido com o que o Minato fez, porém diferente
). Lutar com os dois ao mesmo tempo é bem difícil para ele.