Boruto pode ser resolvido em 5 passos básicos:
1. Melhora na qualidade de desenho do mangá;
2. Aprofundamento dos personagens e das relações, no mesmo nível que existia em Naruto Shippuden (Satisfatório para a maioria dos fãs);
3. Uma pequena fala do Sasuke de que ele nunca viu Naruto tão forte como nesse novo capítulo desde que ambos perderam o chakra do Rikudou Sennin em seu confronto final (Isso já ajustaria o Power Scalling) e justificaria muitas coisas.
4. Isshiki sendo completamente derrotado por Naruto, que em seu leito de morte ganharia um Karma por ser considerado um hospedeiro adequado para Isshiki. A partir daí a história giraria entorno do fato de Naruto poder se tornar a verdadeira ameaça, sendo que ao mesmo tempo que não pode ser morto para não trazer o Alien de volta, também não pode deixar tudo ao acaso.
5. Isso daria espaço para um Time-Skip onde todos iriam ter que treinar e evoluir para conter Naruto no futuro e ao mesmo tempo lutar para tirar o Karma dele. A história poderia se aprofundar mais em Narrativa e conflitos poderiam ser gerados em torno dos protagonistas, Amado, Code (que está lá vigiando o Juubi e pode assumir um papel principal).
A partir de tudo isso poderia ser trabalhado o conflito final, onde Kawaki manda Naruto para outra dimensão e o sela e quer fazer o mesmo com Boruto. Boruto quer lutar contra isso alegando que ainda é um ninja e etc.
Claro, tudo pode ser mais bem trabalhado, mas esse esboço já ajudaria muito.