No passado, antes da fundação de Konoha o clã Uchiha assim como o Senju eram um exercito de centenas se não milhares de combatentes, o bastante para oprimir toda uma região e travar batalhas longas através dos séculos.
Porém entre o tempo em que houve a paz entre os clãs, até o inicio da obra, os Senjus foram reduzidos a uma única pessoa (Tsunade) e os Uchihas viraram um pequeno clã conservador que morava na periferia da vila, se tinha 100 Uchihas naquela região já era muito, se fosse contar os Uchihas ninjas, mesmo somando com os dos fillers e flashbacks de 1 segundo não passavam de 50. Depois do massacre sobraram apenas 3 vivos e com o fim da obra Naruto, Sasuke e sua filha são os últimos Uchihas...
Mas o que aconteceu? dois dos maiores clãs da obra, que juntos fundaram a aldeia simplesmente sumiram... Qual foi o destino deles?
Eu digo!
Quando havia guerra os clãs viviam isolados e eram particularmente hostis com pessoas de fora, principalmente com outros clãs, esse isolamento fez com que a ocorrência de casamento entre as pessoas do mesmo clã aumentassem, logo rolava um incesto entre primos ali e raramente eles tinham filhos com pessoas de fora, ainda que errado, isso mantinha a Kekeigenkai pura e a incidência de nascimento com os genes do clã, tipo o sharingan eram bem maiores.
Além de que devido o constante atrito com outros clãs, a maioria dos membros eram treinados para combater e isso ajudava a despertar a kekkeigenkai.
Porém após o fim da guerra Senju e Uchiha, os clãs declararam paz e fundaram uma vila onde esses clãs viviam misturados "pelo menos até o Tobirama assumir o poder", para "piorar" outros clãs e pessoas normais se juntaram a demografia. Logo com essa paz e mistureba de pessoas, houve mais casamentos entre pessoas do clã e pessoas normais ou de clã diferente.
Exemplo,
Se um Uchiha casa com um Uchiha a chance do filho ter o Sharingan é praticamente 100%, mas se o Uchiha casa com um(a) figurante, a chance do filho deles ter a kekkeigenkai é 50%.
Dai esse meio Uchiha casa com outro figurante e a chance vai para 25%. Até a chance ser tão mínima que começa a não ter mais novos usuários da técnica.
Para piorar com relativamente menos guerras, o filho poderia optar por não seguir a carreira ninja e não despertar sua kekkeigenkai.
Foi o que provavelmente aconteceu com o clã Senju, a maioria de seus descendentes deixaram de ser ninjas ou foram se casando com figurantes ou membros de outros clãs até restar apenas Tsunade, a ultima pessoa que leva o nome Senju viva, que ainda sim é metade Uzumaki...
A mesma coisa deve ter acontecido com os Uchihas, só que em uma menor proporção, sendo aquele pequeno aglomerado de pessoas que o Tobirama isolou e mais tarde o Itachi exterminou uma resistência das famílias principais, que manteve a tradição isolacionista do clã.
Logo Itachi não realmente matou todos os Uchihas, provavelmente escapou alguns descendentes pela aldeia, mas a chance deles dispertarem o sharingan é tão mínima que nem podem mais ser considerados Uchihas.
Considerando que Sasuke não gosta muito de fazer filhos e esta com seus dias contados em Boruto, o destino do clã Uchiha está nas mãos de Sarada, que por ser filha de Sasuke um membro da casa principal do clã, tem ainda bastante do genes Uchihas, mesmo que sua mãe seja uma "sem clã". Só que independente de quem seja o futuro parceiro da Sarada o filho dela terá ainda menos chances de possuir o donjutsu...