O Mangekyou Sharingan pode ter feito a diferença em três momentos: 1. Salvar Sakura, 2. Estratégia final, 3. Salvar o Naruto. No primeiro, o Sasuke ia salvar a Sakura mesmo se o Kakashi não aparecesse, aqui não faria tanta diferença. No segundo, pode-se dizer que o Mangekyou aumentou a moral do Kakashi, que estava se sentindo incapaz naquele momento, isso contribuiu para a melhor estratégia. Sem essa moral, talvez ele não conseguisse fazer uma estratégia tão boa. O terceiro só aconteceu por causa do segundo.
O ponto é: Naruto, Sasuke, Sakura e Kakashi desmoralizado conseguiriam fazer uma estratégia tão boa sem incluir o Kamui? Kakashi desmoralizado dificilmente. A Sakura é a mais inteligente dos outros três no campo da teoria, não acho que faria grande diferença nesse caso. O Sasuke é bem inteligente, mas não mais que o Kakashi, qualquer estratégia que ele tentasse, poderia até dar certo, mas seria pior que a do Hatake, não duvido nem um pouco que ele poderia sacrificar a Sakura no processo, por considerá-la desnecessária no ato final de selamento. O Naruto não é tão inteligente de fato, mas cria estratégias inpensáveis na cagada, então não duvido que conseguiria dar seu jeitinho.
Enfim, dependeria do que o autor quisesse. No geral, acho que seria pior e mesmo se eles conseguissem selar a Kaguya, talvez fosse mais forçado (ou não, vai saber o que se passa na cabeça do povo).