O pessoal costuma fazer essa confusão.
Óbvio que existe destino, propósito para cada um dos personagens. Mas a mensagem da que a obra quis passar é que vc sempre pode mudar o seu destino.
Obito era um cara bom, mas Madara o fez mal, depois Naruto o fez bom de novo. Obito conseguiu mudar, assim como Neji, Nagato, Gaara, Sasuke e etc, todos convencidos pelo Naruto.
Naruto é como se fosse Jesus, não importa quanta merda vc faça, ele sempre vai te perdoar. É algo muito poético e sem lógica? Com certeza, mas é ficção, e é um Shonen, então... Poha, nem deveriam esperar mais do que isso.
One Piece que muitos consideram superior a Naruto está indo por esse mesmo caminho de profecia, algo normal na "Jornada do Herói".
MAS, devemos entender que mesmo que uma profecia exista, ela não é nada mais que um vislumbre do futuro, e o futuro é nada mais que o resultado das nossas ações no presente.
Caso Naruto não possuísse sua Determinação, jamais conseguiria chegar a concluir a profecia.
Por isso é contata toda a história do personagem desenvolvendo como sua jornada foi difícil e como ele teve que se esforçar pra alcançar seu destino.