Cara eu aposto no Kabuto devido a versatilidade.
Mateki: Mugen Onsa e Senpō: Hakugeki no Jutsu são técnicas de apoio e longo alcance, as quais dificilmente o Naruto lidaria. Os danos causados pelas variações de rasengan podem ser driblados pelas habilidades corporais do Yakushi (como troca de pele, elasticidade e liquefação).
Kabuto pode desestabilizar os ataques do Naruto também com o Senpō: Muki Tensei, em analogia ao Zetsu ludibriando o clone do Uzumaki com uma raiz de mokuton, o Iryō-nin poderia fazer o mesmo com alguma estalagmite da Caverna.
As manifestações dos braços de chakra da Kurama podem ser cortadas com o Chakura no Mesu, algo semelhante ao que Kakashi fez com o Raiton - Raiden na guerra (fatiando os braços de chakra dos Bijūs).
Sapos teriam sérios problemas em lidar com Manda 2.0. A serpente é uma das mais brutais já mostradas pelos usuários de Hebi jutsu, dependendo do sapo que Naruto invocasse, seria rapidamente dilacerado pela cobra, eu vejo apenas Gamabunta ou Gamakichi representando algum perigo para a serpente.
No mais, Kabuto é bem mais estrategista que Naruto em combate, o Yakushi sempre explora os pontos fracos do oponente em uma luta e os usa contra seus adversários, seria questão de tempo até ele abater o Naruto.