Eu não vejo lógica em dizer que o Amaterasu seria efetivo no Kisame, sendo que ele possui duas formas de absorção de chakra (a dele mesmo e a da Samehada).
A Samehada não gosta de calor, o que não significa que ela não possa absorvê-lo, tanto que o fez no mangá. Uma coisa de se levar em conta com relação ao Kisamehada, é que as capacidades absortivas de Kisame e Samehada se somam, tendo uma absorção muito mais eficiente que da Samehada isoladamente. Além disso, o Kisame passa a deter o controle de todos os benefícios da Samehada, a começar pelo controle da absorção em si.
O problema geralmente de quem defende que a Samehada pode tranquilamente absorver Katon é ignorar que ela mostrou aversão até mesmo para uma versão mais simples de Katon (Goukakkyu), o que por si só torna ilógico imaginar ela por conta própria absorvendo um Gouka Mekkyaku, Goemon ou, principalmente o Amaterasu. Por outro lado, quem defende que ela não absorve ignora que Kisamehada é uma versão muito mais potente da absorção solo da Samehada.
Madara não usou Gakido para absorver Amaterasu, até porque ele nem tinha mais o Rinnegan. Não existe qualquer evidências de que o usuário mantém a habilidade de uso do Rikudo no jutsu após perder os olhos. Seria bizarro algo assim ser possível (nem venham querer generalizar por causa do caso do Madara e Susano).
Essa habilidade de absorção corpórea de chakra já foi mostrada por vários ninjas ao longo do mangá (Madara, Kisame, Jirobo, o carinha do clássico da luta contra o Sasuke no Exame Chunnin), enfim...
Kisame tem uma grande capacidade de absorção própria, a ponto de em instantes ''esgotar'' as reservas de um Jounnin. As vezes trazem esse exemplo da lâmina do Bee recoberta de Raiton como exemplo para menosprezar esse feito do Bee, mas não acho justo.
A absorção do Kisame, assim como a de todos que possuem essa habilidade se dá por CONTATO, não é como o Gakido que cria uma barreira de absorção ao redor do usuário. Por mais que o Raiton da lâmina fosse absorvida, ela foi lançada em altíssima velocidade, a absorção do usuário do chakra Raiton não faria a lâmina desacelerar a tempo de evitar que você fosse perfurado pela lâmina. Um jutsu com uma mecânica que não tem nada haver com o Amaterasu.
Por exemplo, se o Sasuke fizesse lanças de Enton, não sei se o usuário conseguiria absorver, devido a MANIPULAÇÃO DE FORMA dada a técnica. Já no caso das chamas ''cruas'' do Amaterasu, seria muito mais fácil de absorver.
Isso falando do Kisame separado. A absorção da Samehada se mostrou ainda mais potente que a do Kisame (bem mais, pelo mostrado). Agora somando os dois e dando o controle dessa absorção ao Kisame, vejo um pseudo-Gakido tranquilamente atuando em campo.
Logo, não vejo nem Amaterasu e nem Enton funcionando no Kisamehada, ainda que isoladamente, tanto Kisame quanto Samehada teriam problemas em absorver tais técnicas.
No geral, acho o Kisame favorito em um confronto contra o Sasuke. Sasuke não tem resposta ao Daikoudan e nem ao Sameodori.