Em um cenário como esse, o arsenal do Kakashi se resume, basicamente, ao Raikiri e ao Sharingan, o que não deve ser o suficiente para derrotar um inimigo do calibre do Kimimaro.
O Shikotsumyaku do Kimimaro é tão resistente que é capaz de suportar o corte de uma lâmina reforçada com chakra de um samurai com poucos danos:
E uma lâmina reforçada com chakra de um samurai pode possuir um poder de corte equivalente ao da Kusanagi no Tsurugi reforçada com o poder do Chidori, como vimos no breve encontro entre o Mifune e o Sasuke:
Ambos possuem um poder de corte/perfuração inferior ao do Raikiri, no entanto, não deve ser por muito. Então é possível que o Kimimaro seja capaz de suportar isso criando uma armadura com o Shikotsumyaku, especialmente se combiná-lo com a Marca da Maldição, que poderia aumentar ainda mais o poder da sua Kekkei Genkai. Particularmente, imagino acontecendo algo similar ao confronto do Chidori do Sasuke contra o Yondaime Raikage, que até conseguiu causar algum dano, mas não foi letal. Aliás, isso poderia ser uma boa abertura para o Kaguya prejudicar o Kakashi seriamente com o Karamatsu no Mai, que talvez seja até imprevisível para o Sharingan, embora não faça qualquer diferença neste caso.
E se o Raikiri for incapaz de causar o dano ideal, como imagino que seria no cenário mais provável, o Kakashi carece de outros recursos potencialmente capazes de derrotar o Shikotsumyaku do Kimimaro. O Hatake não pode usar o seu Suiton sem uma fonte de água pré-existente, mas mesmo se pudesse, seria inútil diante do poder defensivo do Kaguya, que permitiu sua sobrevivência contra o Sabaku Sousou e o Sabaku Taisou do Gaara, que eram ataques muito mais mortais. Os Ninken também não teriam utilidade.
E o Sharingan do Ninja Copiador não pode copiar uma outra Kekkei Genkai, o Doujutsu teria utilidade somente para propósitos defensivos e mesmo assim seria por tempo limitado, uma vez que isso pode desgastar o Kakashi bem rápido. Também não acho que o Kage Bunshin teria alguma relevância neste cenário a não ser diminuir a estamina do próprio Hatake. Enfim, sem chance de oferecer perigo real para este adversário.
O Kimimaro, por outro lado, é muito mais perigoso para o Kakashi em um combate corpo-a-corpo. Apesar disso, consigo ver o Hatake com chances de sobreviver graças ao Sharingan, se for capaz de prever o Shikotsumyaku. Porém, a superioridade do Kaguya se torna clara a partir do momento que a sua resistência em combate é muito maior, mesmo doente, é dono de uma das maiores reservas de chakra da Parte I, mesmo em sua forma normal, e pode aumentar isso através da Marca da Maldição.
Por fim, além da estamina, o Kimimaro também é capaz de vencer com o Sawarabi no Mai, que o Kakashi simplesmente não tem respostas.