Ele não tem como fazer isso, ele tinha que ficar parado naquele negocio com os Kokushins presos nas costas para controlar os caminhos, não tinha como controlar eles igual o Obito, que só colocou um Kokushin no peito deles e controlava eles via wi-fi.
Mas aquela máquina não é essencial para controle dos Pains, aquilo provavelmente era uma forma de locomoção bizarra que o Nagato usava.
Os Pains seguem o mesmo mecanismo das Kuchiyoses, a única diferença é a quantidade de chakra do Nagato destinada a cada corpo, que obviamente no caso dos Pains era muito maior.
Nagato Edo podia controlar as Kuchiyoses tranquilamente sem nenhum Kokushin espetado em suas costas, como bem mostrado, desde que a distância o permitisse fazê-lo. Com os Pains não seria diferente, mas ele teria que lutar junto aos Pains estando presente no campo de batalha (ainda que ocultado no camaleão, por exemplo) e não a quilômetros de distância como fez no mangá.
Não há indício algum, por exemplo, de que o Obito conseguiria controlar os Jinchuurikis a distância como Nagato fazia com Pain sem que fosse perfurado por inúmeros Kokushins tal como o Nagato.
Os Kokushins basicamente funcionavam como um amplificador de sinal (além de precisar estar em um ponto bastante alto), justamente para que os sinais pudessem ser enviados a longas distâncias sem interferência no desempenho dos corpos de Pain.
Nagato provavelmente nunca se importou em curar as pernas porque era irrelevante para ele, tendo os caminhos para lutar na linha de frente por ele e Konan para carregar ele por aí. Não é como se ele tivesse vida social e tivesse perdendo a chance de bater uma bolinha no fim de semana. Veja que ele tinha uma espécie de pernas mecânicas aracnídeas:
Se isso custasse muito a ele, eu até concordaria com você. Mas não custava porra nenhuma.
Era só algum ninja médico random de Amegakure ou mesmo ele com o Gakido absorver o chakra de alguém e converter em vitalidade, automaticamente curando os danos de suas pernas.
O déficit de mobilidade dele não foi corrigido após ser restaurado pelo chakra do Hachibi porque ele já havia perdido memória muscular, porque as pernas dele em si já não estavam mais danificadas.
Além disso, Pains são uma extensão de seu poder, será que ele nunca pensou na possibilidade de algum ninja conseguir rastreá-lo ? Ou pior que isso, pela fala da Konan já demonstra que eles não confiavam tanto assim no Obito e já previam um possível conflito. Mas Nagato sabia que o Obito não iria perder tempo lutando contra marionetes e iria diretamente confrontá-lo. Ele seria burro o bastante para esquecer disso ?
Quanto a falta de vitalidade, eram os caminhos que tiravam a vitalidade dele, não o Gedou Mazo, provavelmente por isso ele estava sempre debilitado, tinha que manter eles sempre ativos em Amegakure. O que realmente não faz sentido é que quando foi ressuscitado ele recuperou toda a vitalidade como se não fosse nada, o que cria um furo de lógica, ele podia simplesmente se manter com uma vitalidade alta agindo como um vampiro e roubando vitalidade alheia, ele tinha o povo de Amegakure para usar como vitima inclusive. A menos que se considere que Jins tem uma vitalidade especial e por isso o Nagato se recuperou tão fácil absorvendo a do Bee.
Na verdade era o Gedo Mazo mesmo !
Kuchiyose Gedou Mazou
Ninjutsu, Kekkei Genkai – Ofensivo, Suplementar
Usuários: Uchiha Obito, Uchiha Madara, Nagato
Tudo é roubado pelo movimento do dragão gigante do caminho Gedou!!
Kuchiyose Mazou é o receptáculo para o chakra Bijuu, funcionando como um jutsu de aprisionamento. Um dragão é liberado pelo Mazou, possuindo poder suficiente para absorver chakra Bijuu, com um mero toque o chakra do alvo adere nele. É diferente de uma invocação normal por contrato de sangue, ao invés disso, o usuário corre o risco de ter sua força vital absorvida. Nagato conseguiu usar este jutsu com sucesso em função da herança genética de seu clã, que o conferiu uma quantidade enorme de força vital.
Quanto a recuperar a vitalidade com o chakra do Hachibi. Não é um furo de roteiro, é uma habilidade própria das técnicas de absorções de chakra. Kisame absorvendo o chakra do Bee (não o do Hachibi) também conseguiu recuperar sua vitalidade com facilidade.
E olhe que ele estava em um estado ainda mais decrépito que o Nagato.
Claro que isso depende muito do tanto de vitalidade/cura que você precisa, do tanto de chakra que você absorver, da qualidade do chakra que você absorve, tudo isso é determinante. O chakra das Bijuus por ser muito poderoso, certamente favoreceu o processo.
Nagato conseguiria lutar com Pain no Rikudou, mas precisaria necessariamente estar na batalha ou bem próxima dela. Com uma técnica como o camaleão, isso seria bastante eficaz e fácil de ser realizado, ainda que não tão seguro quanto lutar a vários quilômetros de distância como podia fazer no mangá.