Antes de tudo, com dito pelo
@Seijin, Itachi nunca lutou contra Yagura, aquilo é um filler bem tosco que até bagunça a cronologia real da obra, o Juugo na Akatsuki (?????)
E mesmo que aquilo fosse canonico, o que não é, é bem óbvio que Yagura não morreu ali, simplesmente por que Yagura estava presente quando Kisame matou Fuguki, e na sequência, Kisame vai "trabalhar" para o "Madara", deixando a entender que foi ali que fez parte da Akatsuki.
Kisame entrou na Akatsuki depois que Itachi, como Itachi teria matado o Yagura, se Yagura estava quando Kisame foi recrutado, sendo que, Itachi era da Akatsuki quando "matou" Yagura??? E nem vou citar o fato de que, quando a Akatsuki capturou o Isobu, ela estava solto na natureza.
E mesmo no filler, Itachi recua e deixa o Yagura pra trás. Enfim, filler é filler, inexistente.
Zabuza deu um golpe de estado e fugiu em sequência, Haku devia ter seus 7/8 anos, talvez? Considerando que Haku tinha a idade de Naruto e Sasuke durante o arco da ponte (É o que diz o mangá), sabemos que, no mínimo, Yagura ainda estava vivo 4 anos após o golpe do Zabuza (Visto que ele ainda queria juntar dinheiro para tentar outro golpe.).
Imagino que a morte do Yagura tenha sido bem no inicio do Shippuden, isso explicaria a Akatsuki indo atrás do Isobu logo depois (Foi a segunda Bijuu mostrada sendo tomada pela Akatsuki, logo depois do Shukaku.), e por ser um fato recente, explicaria os comentários dos demais Kages a respeito da "Vila da Névoa Sangrenta" a Mei durante a reunião dos 5 Kages.
Pra mim, cronologicamente, foi como aconteceu. Agora, o motivo da morte do Yagura, eu apostaria em "causas naturais", devido aos anos de influencia mental do genjutsu, não lembro se existe uma citação especifica de por quanto tempo Yagura foi manipulado, mas, considere que, quando Zabuza era pequeno, a vila já tinha a politica de graduação do massacre, eu chuto uns 15 anos ai. (Se tiver essa data em fontes oficiais, eu realmente não lembro, agradeço se souberem e falarem.). Mas imagine o estado que deve ficar a mente e o corpo de alguém mantido nessas condições, depois de anos, o jutsu é simplesmente "quebrado", ou algo assim. Bom, isso se trabalhar com a ideia de que ele morreu por causa desses fatores. Outra coisa é que estou ignorando completamente o fator "Bijuu" aqui.