Ambos são talvez, dentre os Akatsuki, os mais controversos quando tratamos do seu nível, ápice de poder. Nagato na maior parte do mangá, esteve debilitado e valendo-se dos Seis Caminhos em corpos humanos, expecificamente, a formação Pain. Enquanto nosso Uchiha, enfrentava a cegueira e sua doença que prejudicava sua estamina e portanto, seu físico. Nagato em sua primeira luta no mangá, subestimou Jiraiya, o que lhe custou um dos corpos de Pain, Chikushoudo, por mais que posteriormente fora integrado novamente. E teve que segurar-se para não destruir Amegakure, quando não fez uso do Chibaku Tensei, ''Chou'' Shinra Tensei e derivados, algo que não o vimos utilizando contra seu mestre. Itachi por sua vez, por estar muito debilitado, não conseguia manter-se muito bem em lutas que tomem muito do seu tempo, comprometendo seu chakra e físico, algo que ele maestramente por um excelente controle de chakra que este detinha, impedia de vir a cair por exaustão. Algo que só ocorreu após ele de fato, decidir perder e passar seus objetivos para seu irmão. Nagato pelo seu erro de poupar esforços contra Jiraiya e deixar que Fukasaku fugisse com seu segredo, prejudicou a si mesmo, vindo a perder após Naruto dominar o SM, e juntamente dos Gamas e da Kyuubi, vencer a formação.
Para mim, depende exclusivamente de qual momento do verso estamos tratando. Itachi enquanto doente, não era adversário para os Seis Caminhos, assim como Nagato não era adversário para Itachi doente, já que este poderia surpreender-lhe com sua velocidade, da mesma forma que os Caminhos iriam pressioná-lo até o desgaste.
Enquanto em suas versões Edos, ambos são extremamente nivelados, podendo ir de qualquer forma, o que na minha concepção, é o auge destes.
Portanto, para mim, a inferioridade de um frente ao outro não passa de momentos diferentes no mangá, que denotam suas capacidades até aquele momento, e ambos no seu ápice, são tão fortes quanto o outro, vencendo pelo detalhe. Tal qual, Itachi é claro ao afirmar que ele e Nagato juntos, revividos, poderiam fazer o que quisessem por terem os Doujutsus que detinham.