No máximo eles devem ter pensado que foram ninjas de Konoha, imagino que Minato possa ter chegado ali algum tempo depois, talvez com alguns ninjas da Folha e ter recuperado o corpo da Rin e lavado o Kakashi.
Agora eu não me recordo se o corpo da Rin está enterrado em Konoha de fato, ou se é aqueles "túmulos simbólicos", de todo jeito, Kakashi voltou de algum modo.
Sobre a Névoa, bom, os shinobis morreram em uma missão, é algo normal. Imagino até a ideia de "O Isobu se libertou e matou todo mundo" sendo mencionada, mas é aquilo, provavelmente eles nem se importaram muito com isso. Agora eu me perdi um pouco na cronologia da história, mas imagino que foi logo após isso que selaram o Isobu no Yagura.
O lance aqui é mesmo o Mokuton ensanguentado que o Obito deixou lá, e logo após aparece um pirralho usando Mokuton em Konoha, além da Rin ser uma Chuinin de Konoha, tudo leva a crer que Konoha "resgatou a jinchuriki" ou algo assim.
A Névoa era uma nação muito bagunçada, não me admira que eles simplesmente ignorem isso ai.