Vamos supor que a Tsunade pode quebrar as rochas - ela não pode -, você sabe que ela precisaria fazer isso num nível microscópico, certo? Assim o impacto das pedras contra seu corpo ia ser irrelevante. Enquanto as rochas continuarem no espectro macroscópico, dividir as pedras em pedaços menores não iria ajudar em nada, ela vai continuar sendo esmagada por quilômetros de detritos grandes, médios ou pequenos sendo atraídos em alta velocidade.
O caso da Kusanagi cai no mesmo cenário do Rasenshuriken/Bijuudama/Magatama. Mais fácil a espada ser atraída pro núcleo do Chibaku Tensei do que o Orochimaru, desequilibrado, sem nenhum campo de visão, fazer o milagre de perfurar o Pain com precisão.
Eu acredito que o Pain ocupe um lugar na obra que ninguém mais ocupa. Ele é muito mais poderoso do que os antigos 'poderosos' de Naruto (Itachi, Sannins, Hiruzen), mas mais fraco que os fortes a partir da guerra (Madara, Hashirama, Obito).