Será que existe alguma ligação?
Na primeira imagem o Chidori ficou negro após ser reforçado com o Senjutsu do Orochimaru presente no Juuin. Na segunda imagem o Chidori ficou negro após ser reforçado com o Chakra do Sábio dos Seis Caminhos. Na terceira o Raiton ficou negro por razões desconhecidas relacionadas a tatuagem do Darui.
Eu acredito que o Raiton fica negro quando recebe um chakra "externo" muito poderoso. Provavelmente por isso não são todos os Raiton de Sasuke e Darui que ficam negros.