Kokushin serviria para imobilizar a kurama, que garantia você me dá que o madara já vai começar com o susano revestindo a kurama? Contra o hashirama ele não começou assim, porque aqui teria que ser dessa forma?
Sim ele countera, madara controle a kurama por causa de um genjutsu, Itachi pode desfazer o genjutsu ou simplismente colocar ela num genjutsu mais poderoso e usar a kurama contra o próprio madara.