Isso pois os anciões servem como uma representação do Status Quo, ou do pragmatismo, não da visão dos Clãs ou da Vila, na maioria das vezes esses seriam colocados em conformidade com a visão do Hokage (Tsunade no caso). Embora na realidade basicamente a alta cúpula é uma maneira de tornar a influencia do Tobirama permanente na Vila, talvez por isso (embora seja provavelmente uma coincidência visto que Kishimoto não deve ter esse nível de planejamento) é formada apenas por seus ex-alunos. Por isso a desconfiança e o preconceito com os Uchiha ficou perpetuada até o Massacre Uchiha. Isso remonta ao tema do Ciclo do Ódio e como ele é algo perpetuado, não pontual.
Sobre isso da ANBU Ne, isso é um filler da Pierrot. Nunca foi dado a entender, até onde me lembro, que Danzou tinha poder para tomar crianças de algum clã, se ele tivesse, obviamente teria ido atrás de Neji e não de Shino, como no filler. O que vemos é ele pegando órfãos para substituir homens que perdeu, Sai também era um órfão. Provavelmente a ANBU Ne funcionava igual a ANBU normal, Danzou escolhia os membros entre as fileiras via nomeação, caso faltasse mão de obra, ele pegava órfãos.