Originalmente...
O Ōdama Rasengan era um Rasengan fortalecido com o poder de Kyūbi enquanto o Chō Ōdama Rasengan era o Rasengan fortalecido com o poder do Senjutsu. E sabemos qual é a versão mais poderosa do jutsu, é claro!
Infelizmente, o sistema de magia de Naruto não é tão rígido na prática quanto é na teoria.
De qualquer forma, o Naruto no Modo Sennin é superior, seja em feitos ou em power scaling mencionado. A maioria das suas técnicas são as mesmas em ambas versões, mas as técnicas com Senjutsu são superiores.
Em matéria de Taijutsu, por exemplo, o Modo Sennin oferece técnicas como o Kawazu Kumite e o Kawazu Tataki, que simplesmente esmagam as capacidades do "KN0" que é meramente mais forte e rápido do que a "Base" (algo que o Senjutsu também faz, inclusive).
Em Ninjutsu, o Modo Sennin oferece o Rasenshuriken de longa distância e até possibilidade de transformá-lo em um Rasenshuriken gigante. Isso fora a barragem de Chō Ōdama Rasengan que ele usou contra o Kurama, versão superior à barragem de Ōdama Rasengan que o KN0 executou contra o Madara.
A única desvantagem do Modo Sennin é essencialmente o tempo, fora isso, é bem superior ao KN0.