1. Ele não poderia levar as crianças para Konoha. Como mencionado, uma vila não assume órfãos de outra vila, muito menos uma vila inimiga em tempos de Guerra, eles podem ser espiões.
2. As crianças eram leais a Amegakure, pelo menos o Yahiko era. Ele pediu para ser treinado porque o sonho dele era consertar Amegakure, ele não abandonaria a vila. Nagato e Konan por outro lado, queriam ser treinados para proteger o Yahiko e não depender dele.
3. A mentalidade do mundo de Naruto é muito diferente do nosso, Hiruzen que é tratado pelo mangá como um exemplo de líder bondoso enviava soldados criança para a guerra. Nagato com uns 10 anos assassina um homem e Jiraiya não parece nada preocupado com o psicológico dele quanto a isso. Eles não tratam crianças como seres a serem protegidos da violência.
4. Jiraiya não deixou eles e voltou para Konoha, ele voltou para a guerra, ela não havia acabado. Jiraiya apenas disse para Orochimaru e Tsunade irem na frente, provavelmente penetrando no território inimigo, ele não abandonou eles, isso seria deserção. Basicamente os dois foram avançado enquanto Jiraiya ficou para trás, ele treino as crianças e voltou para encontrar seu time para as próximas batalhas. Nós sabemos que a Guerra acabou muito depois de Jiraiya deixar os órfãos.
Ignorando tudo isso e considerando que Jiraiya leva Nagato para Konoha e mantém ele como protegido, para Danzou e Orochimaru não colocarem as mãos no garoto. Provavelmente Nagato seria maltratado pela folha considerando que ele é um estrangeiro de uma aldeia que matou muitos ninjas da Folha, mas superaria as dores graças a seu mestre e amigos, já que isso é Naruto.
A questão da força que ele alcançaria é questionável. Eu sou do grupo que acredita que os Caminhos são técnicas inatas, Madara aprendeu a usá-los através do Zetsu Negro ou alguma pergaminho antigo, ensinou para o Obito e ele ensinou para o Nagato. No entanto, as habilidades do Rinnegan não, então Nagato conseguiria por contra própria desenvolver as técnicas dos Caminhos sem nunca ter visto? Impossível saber.
No entanto, ele teria tempo para absorver todo o arsenal do Jiraiya e tudo que a folha tivesse disposta a oferecê-lo, provavelmente seu estilo de luta seria uma versão muito mais aprimorada do estilo do Jiraiya, considerando que o Rinnegan facilita até o domínio do Senjutsu.
Acredito que ele seria isso, um Jiraiya com técnicas muito mais poderosas e um arsenal muito mais diversificado. Yahiko e Konan continuariam a mesma coisa.
Sobre a relação deles com a vila, Nagato ou Yahiko provavelmente substituíra o Jiraiya como o responsável pelo Naruto e se tornaria sua figura paternal, talvez Konan fosse uma figura maternal.