Funciona assim:
Faz de conta que você quer virar ninja, então aos 5 anos você começa na academia ninja, que é uma escola que te ensina a ler e escrever + te ensina o básico sobre chakra e técnicas ninjas. Aparentemente para você se tornar Genin, você pode solicitar a prova quando você quiser "em certos períodos semestral/anual", Naruto por exemplo solicitou a prova quando tinha 10, 11 e 12 anos, reprovando nas três, mas sendo aceito em uma situação não convencional. Já o Kakashi solicitou a prova no primeiro ano e virou genin já aos 5 anos, já Itachi conseguiu aos 7 anos, ainda que você passe para Genin continuara na academia até os 11/12 anos para aprender história, geografia, matemática... Mas poderá sair em missões de rank D, com o acompanhamento de um jounin.
Você virou Genin, já é um ninja? Não! Você é um aprendiz ninja, quando chega aos 11/12 anos é delegado a uma equipe de 4 pessoas, sendo você, mais 2 genins e um jounin supervisionando. Agora você pode cumprir missões rank D e as vezes rank C, mas se você for uma arma viva tipo o Gaara, vai ser mandado para missão rank A e S, depende da aldeia. Quando o jounin que esta te supervisionando decide, que a equipe esta pronta, ele pode inscrever você junto da sua equipe para o exame chunin, logo o criterio para fazer a prova é a aprovação de seu sensei jounin. No exame não importa se você foi até o final ou não, o que vai valer mesmo é a forma que você se comporta e a análise é feita individualmente, logo pode ser que você vire chunin e os outros dois da sua equipe não.
Você também pode virar chunin por indicação antes mesmo de sair da academia ninja, que foi o ocorrido com Kakashi que virou chunin aos 6 anos e o Itachi que virou chunin aos 10 anos, sendo assim os dois já estavam fazendo missões de rank C e B antes mesmo de saírem da academia. Como é visto o Kakashi no filme 4 Torre perdida, onde Kakashi criança, esta infiltrado junto com Minato, Chouza e Inoichi em uma cidade suspeita. Mas isso não impediu Kakashi de participar do exame chunin com sua equipe.
Passado o exame chunin, agora sim você é um ninja, a infantaria por assim dizer. Ao se tornar Chunin é possível cumprir missões oficiais que são as de rank B, onde já envolve combate real com outros ninjas e risco de morte. Sobre comando de um jounin e junto a um batalhão de outros junins, também é possível cumprir missões de rank A.
Provavelmente muitos ninjas morrem nessa patente, ainda mais nos tempos de guerra, você ia cumprindo missões atrás de missões até achar um oponente capaz de te matar, você falhar ou ficar invalidado (perder um membro).
Mas caso você seja tão habilidoso que consiga sair vivo das missões de rank B e A tendo sucesso em cumpri-las, a aldeia pode decidir por te promover para Jounin ou ambu, para te colocar em missões ainda mais difíceis, com ainda mais risco de morte. Logo um jounin é um chunin bem sucedido, experiente que não morreu, por isso que quando outro ninja chunin acha um jounin ele caga nas calças, porque ele esta enfrentando um ninja experiente que já sobreviveu a varias missões de vida ou morte.
O jounin é um graduação oficial, eles cumprem missões de rank A, e dependendo da experiência do ninja pode ser lhe atribuído uma missão de rank S. Eles simplesmente são ninjas que cumpriram varias missões difíceis com sucesso, independente da habilidade de combate, mas considerando que missões a partir de B incluem combate com outros ninjas, é normal o jounin ser um exímio combatente. Devido a sua vasta experiência, sabedoria e sucesso, são os jounins e não os chunins que são designados a treinar os genins.
Entre os jounins, tem aqueles chamados de jounins especiais, que são ninjas que são bons e experientes em um determinado tipo de missão, por exemplo o Ibiki é bom em missões envolvendo tortura e interrogatório, se colocar ele para escoltar ele seria nível chunin, ou o Ebisu que é especialista em treinar genins, isso ele faz melhor que o Kakashi, mas se colocar ele em uma missão de vida ou morte ele pode ser pior que um chunin.
Agora os anbus, para virar anbu não cabe apenas suas habilidades ou êxito em missão, mas também sua personalidade, um ambu deve ser frio, calculista e disposto a colocar sua missão a frente de sua vida. Um ambu é exatamente um espião, sem identidade, fama e glória. Ele recebe missões onde o objetivo é o assassinato, disfarce ou até cometer genocídios. Os ambus diferentes das outras patentes, obedecem diretamente e somente ao Hokage e suas missões são segredo até para o alto escalão da vila. Geralmente antes de ser ambu o ninja era um chunin muito habilidoso ou um jounin, porém pode ocorrer de um genin virar anbu e ser treinado desde criança para matar.
Geralmente jounins famosos não viram ambus, pois suas técnicas já são amplamente conhecidas pelo inimigo o que compromete seu disfarce em varias ocasiões.
O ultimo posto, kage, para virar kage tem muito haver com politica, geralmente os escolhidos tem alguma ligação com o kage anterior. Por exemplo Konoha:
Hashirama foi o primeiro.
Seu irmão Tobirama foi o segundo.
Hiruzen, aprendiz de Tobirama foi o terceiro.
Minato aprendiz de Jiraya que é aprendiz do Hiruzen foi o Quarto. (Orochimaru aprendiz do terceiro foi indicado)
Tsunade neta do Hashirama, aprendiz do Hiruzen foi a quinta.
Kakashi, aprendiz do Minato foi o sexto. (Danzou aprendiz do terceiro havia se tornado Hokage, mas morreu)
Naruto aprendiz do Kakashi foi o sétimo.
Todos esse acima são fortes? Sim! Mas é pura panelinha, se você não tiver na linhagem dos kages, esquece KKKKKKKKK
É feito uma votação sendo, 3 conselheiros, o representante dos clãs, o diretor da anbu e o kage anterior se ele ainda estiver vivo. Considerando que o Kage manda na ambu e geralmente tem boa relação com os clãs, você já tem 3 votos de 6. Caso de empate, o senhor feudal decidira.
Curiosidade: Sannin não é rank é um titulo, Jiraya, Tsunade e Orochimaru são jounins.