Em primeiro lugar, é importante ter em mente que o Rasengan ser baseado na Bijūdama é um retcon.
Originalmente, as técnicas sequer estavam relacionadas e até os personagens que conheciam ambas técnicas não as relacionaram, como o Orochimaru ao enfrentar o Naruto possuído por Kyūbi.
E, sim, o Minato provavelmente nunca presenciou a execução de uma Bijūdama antes de criar o Rasengan.
A primeira possibilidade, a Kushina, muito provavelmente, nunca foi possuída por Kyūbi como o Naruto e muito menos a liberou por completo. Então sem chances do Minato ter visto a Bijūdama através dela.
A segunda possibilidade, o Killer B, também está fora de cogitação. Ele não dominava a Bijūdama na Terceira Guerra e foi proibido de sair da vila até dominá-la depois da morte do Terceiro Raikage. Além disso, o Minato conheceu a dupla da Kumo em sua idade adulta, muito pouco tempo antes de se tornar o Hokage, enquanto o Rasengan foi criado enquanto ele ainda era um pupilo do Jiraiya.
A possibilidade do Minato ter visto a Bijūdama por meio de outros Jinchūrikis também é baixa, pois Konoha tinha ordem de retirada caso encontrassem algum.
E por outras fontes... a possibilidade também é baixíssima. Hiruzen, que provavelmente era a pessoa com o maior conhecimento em técnicas em Konoha mostra sinais de que não conhecia a Bijūdama, se referenciando a isso apenas com o termo "aquela técnica".
Embora retcons sirvam para corrigir erros de continuidade, este não foi o caso, infelizmente. Só serviu como uma forma rápida para o Naruto dominar a Bijūdama sem passar por um treinamento memorável como quando aprendeu o Rasengan, Rasenshuriken e o Modo Sennin.