Bom, eles fazem o mesmo papel: agente duplo. Os dois morreram como vilões quando, na verdade, foram grandes heróis. No entanto, eles possuem suas diferenças...
O Snape foi um cara de família difícil, sofreu bullying na adolescência, teve uma frustração amorosa, mas acabou indo para o lado malvado por conta própria mesmo e verdadeiramente (não fingindo), depois de uns acontecimentos que ele se arrependeu e virou um agente duplo. E o Snape foi relativamente mau, sim.
Já o Itachi era um cara bom que foi "forçado" a cometer um crime terrível e levar a culpa por isso pelo bem maior. E ele era um cara realmente bom, que nunca se corrompeu apesar dos erros, o que é um pouco diferente do Snape.
Mas observação interessante.