As lutas do Naruto são boas e ruins ao mesmo tempo.
Ele é um porre de chato. No clássico ficava o tempo inteiro com aquela baboseira de ser Hokage e nunca desistir. No Shippuden, o tempo inteiro tentando convencer seus oponentes a desistirem de ser vilões.
Pain vs Naruto é uma luta épica por causa de todo o contexto do seu início (destruição da vila, morte de Jiraya) e porque Pain é o melhor personagem já criado por Kishimoto.
Sem contar que as lutas dele são MUITO previsíveis. Por ser o protagonista, ele sempre vai vencer no fim das contas. E sempre com uma história chata e clichê por trás, de superar seus limites. A única vez que fugiu disso foi Naruto vs Sasuke no vale do fim (motivos óbvios do porque Sasuke precisava vencer) e quando o Madara arrancou a Kurama dele e ele quase morreu.
O excesso de foco dado ao personagem, acaba sendo exaustivo e desnecessário. Não precisava Naruto vir para a batalha lutar contra o Kakuzu só para o Kishimoto introduzir o RasenShuriken dele. Não precisava Naruto ter derrotado Pain sozinho e a Tsunade (a Hokage) ter tido um papel tão coadjuvante no desfecho da história. Com toda a certeza desse mundo, não precisava o Naruto se espalhar em dezenas de clones e sair lutando em todas as frentes de batalha na guerra.
Para isso existem personagens secundários, para serem ao menos minimamente explorados. E quando o Kishimoto finalmente tem a oportunidade de demonstrar isso na guerra, caga tudo trazendo o Naruto para decidir a maioria das batalhas contra os Edo Tenseis do Kabuto.
Mas respondo ao tópico em si...
Naruto vs Sasuke no vale do fim (obviamente estou falando do clássico)