Não acho o Shippuden ruim, no geral.
Até a Saga Pain / Reunião dos 5 Kages, vejo Naruto mantendo o mesmo padrão de qualidade do que era observado no clássico.
Tanto em termos de qualidade das batalhas (alias, digo que são ainda melhores as do Shipuden), quanto em termos de aprofundamento dos personagens, qualidade da história.
O problema mesmo começou a partir do momento em que começou essa história de Jinchurikis do Juubi, reencarnação, Kaguya e etc.
Ou seja, de 700 capítulos, em média 600 foram muito bons.
O arco da guerra em si até que começou bem, tento oportunidade de explorar personagens novos e dar destaques a personagens secundários que eram bem apagados. O problema é que, para variar, o Naruto roubou o protagonismo de boa parte desses arcos com aquelas presepadas desnecessárias de ter clones dele em todos os campos de batalha. E tudo ficou ainda pior quando a aliança shinobi se reuniu em um só ponto de batalha contra Obito e Madara.
Até porque, Naruto e Sasuke possuíam 16 anos. É completamente ilógico imaginar personagens dessa idade conseguindo fazer o que fizeram naquela guerra, por mais prodigio que fossem.