O Mangekyou de gêmeos Uchihas

Vamos supor que gêmeos idênticos, que possuem o mesmo DNA despertem o Mangekyou Sharingan, a habilidade e o formato dos Mangekyous vão ser o mesmo?

Nop!
Todos nos possuímos algo único em nos mesmos, desde o corpo ate a alma.
No mínimo eles teriam poderes de um olho iguais, assim como Sasuke e Itachi tiveram amateraso em um dos olhos.

não duvido serem iguais

Depende, pelo caso do Shin a lógica seria dizer que sim, pois todos os seus clones tinham o mesmo Mangekyo Sharingan, mas o Shin tinha um Mangekyo Sharingan artificial. O Mangekyo Sharingan real tem um quê de metafisico, visto que as reencarnações do Indra sempre mostraram olhos de tomoe reto, diferente do resto dos Uchiha.