Se...

... Kakashi não fosse influenciado pelo Genjutsu de paralisia do Rinnegan, ele teria acertado o chidori no Pain?

A reação do Pain é maior, ele provavelmente ia desviar, no melhor dos casos ele acertaria o Pain, mas morreria após um Shinra-Tensei.

Não foi um genjutsu, mas o Kakashi não teria acertado de qualquer forma porque Pain usaria o Shinra Tensei, como o fez quando o Hatake atacou pela segunda vez.