Ambos possuem vantagens e desvantagens, depende do inimigo que irão enfrentar. A formação Pain possui muito mais possibilidade estrategicas, em quanto que Nagato na sua forma edo rejuvenescido possui um nível de poder maior.
Por exemplo: Se Jiraiya tivesse enfrentado Nagato ao invés da formação Pain, ele provavelmente teria vencido o combate com o Gamarinsho, a vantagem estrategica salvou Nagato.
Agora se o Nagato for enfrentar um inimigo muito habilidoso em combate direto ex: Tobirama, Minato, Obito, Madara e etc então a formação Pain me parece mais dificil de lidar.