De forma literal não, mas na ficção ate a própria realidade pode apagada da existência.
Na nossa realidade, as experiencias vem do tempo, tempo é uma ilusão, mas a medida que cada objeto vai se movendo é tempo que passa. Entendem?
Simplificando, ele (o vilão), teria que apagar não só o meu amigo, mas também todas as minhas experiencias (memorias) ou o próprio tempo. Ele teria que me fazer voltar no tempo antes de eu conhecer o meu amigo, apos apaga-lo no presente.
Cientificamente duas realidades não podem se encontrar, ou seja, eu não posso ficar preso no passado, se não o meu "eu" do passado vai me achar e criar um colapso. Para ele fazer isso com sucesso, teria que fazer o tempo voltar, a própria realidade voltar para trás, oque modificaria as acoes dele também e não conseguiria apagar o meu amigo da memoria.
Em suma, é impossível apagar a existência de uma pessoa dentro do espaço, tempo e matéria (propriamente dita).
Você pode apagar/matar a existência de uma pessoa na realidade e na memoria das pessoas, mas estará registrado no tempo e matéria (memoria)