Será que ele é?

O Nigendō pode ser considerado counter do Edo Tensei?

Naum.

Nunca tinha pensado nisso

Sim, pode ser que seja, ate um blitz no melhor dos casos

Inicialmente eu diria que sim, mas na prática depende porque como vimos é possível evitar ter sua alma seja puxada mesmo que o caminho consiga tocá-la.

Mas vimos que somente chakra e o estado do usuário podem ser a forma de evitar isso. Ningendo do próprio Nagato por exemplo, é mais forte que o do caminho humano (Pain Gakido)

Os Seis Caminhos de Pain foram criados para ser o novo teto de poder em Naruto depois de Minato, Itachi e Orochimaru, então é consistente que as habilidades deles sejam potencialmente capazes de lidar com as habilidades mais fortes desses outros personagens.

Coincidência ou não, o Caminho Humano não foi o único do sexteto que possuía uma habilidade para lidar com corpos imortais de chakra infinito, como também o Caminho Preta com sua capacidade de absorver chakra, o Caminho Naraka com sua habilidade de aprisionar almas, além do Caminho Exterior que proporcionava não só manipulação de almas como era capaz de restringir movimentos e cura de corpos do Edo Tensei.

Na verdade, os Seis Caminhos lidam muito bem com o Edo Tensei.

Shizune ficou totalmente imobilizada com a mão do Ningendou na cabeça.
speedblitz + mão na cabeça = vitória