Concordo em parte, discordo noutras. Realmente seria chocante pra maior parte dos leitores se Urahara se revelasse um vilão, afinal todos são habituados com ele ao lado dos protagonistas e 'mocinhos' da história.
Mas se pensar bem e analisar, verá que Bleach sempre foi bem desprovido de maniqueísmos - dualidade de personagens entre bonzinhos e malvados - principalmente com Shinigamis e especialmente os Taichous.
(A propósito, acho isso uma das grandes qualidades dessa obra)
Desde muito tempo atrás, na saga da Soul Society, os capitães da Gotei-13 foram mostrados e explorados na plenitude de seus caráteres, com todas suas virtudes e vícios. Grande parte era bem austera e de índole literalmente assassina (ex: Soifon, Byakuya, Unohana, Gin e o próprio Yama-Ji...).
Que eu lembre, um dos que mais chocou foi o também-cientista (maluco) Mayuri, que demonstrou logo de cara ser um demônio psicopata da pior espécie com seus experimentos. Sobre capitães que representam perigo ao sistema, não é novidade e um dos maiores "heróis", o Zaraki Kenpachi, era considerado pelas autoridades alguém muito hostil e perigoso, cuja força deveria ser minuciosamente supervisionada e controlada.
Enfim, a respeito do Urahara, é bom lembrar que muito embora ele sempre tenha lutado ao lado "do bem", ele é um personagem como esses outros e como é. Aliás, logo no início do mangá recordo do Urahara sendo um tanto maldoso no treinamento inicial de Ichigo, chegando a cogitar deixá-lo morrer.
Outra coisa que ninguém deve duvidar é o potencial dele, somado a suas habilidades de cientista. Nos fins das sagas 'Turn Black the Pendullum' e 'Arrancar', ficou bem claro que a mente de Urahara é a mais genial de todo o mangá - sim, superior a do próprio Aizen de facto - e oque ele poderia causar com tudo isso... É de se especular.
Já ouvi muitas teorias de que até mesmo o Aizen de Hougyoku poderia ser um tipo de experimento-cobaia manipulado pelas mãos do Urahara, e nem duvido.