Os rasengans e variações do Naruto são anulados pelo rinnegan que os absorve.
Salvo engano para que o Madara ou qualquer users Rinnegan possa absorver o Jutsu é necessario que ele forma uma especie de barreira e assim absorver os Ninjutsus , o Naruto pode derrota-lo simplesmente utilizando FRS e qaundo Madara for absorver ele simplesmente poderia usar Shunshin e mandar outro FRS por trás . Além disso o Naruto atual poderia simplesmente lançar um ataque de grande proporção e assim quando Madara absorver ele poderia usar Rugido Modo RM 2.0 o qual causaria bastante dano para Madara , além de claro aproveitar o tempo que Madara leva para absorver um Nin e atacar com suas mãos de chakra ou com seus clones.
Com o Susano'o completo, Madara estaria protegido dos ataques físicos do Naruto.
Não temos nem ideia do Susano'o completo do Madara , mas considerando que ele não tenha itens misticos o Naruto poderia destrui-lo através de varios FRS ou Chou Bijuu Bomb no Modo RM 2.0 , Gamashinrou tambem seria K.O e Naruto com parceria da Kyuubi poderia fazer clones a bel prazer , sem nenhuma especie de dano assim como tambem poderia invocar os sapos , ou seja , tempo não é problema .
Com o Sharingan os kage bunshins do Naruto serão praticamente anulados.
Não são , tudo indica que Sharingan não vê atraves de Kage Bunshins , pelo menos isso ocorreu na luta Itachi vs Kakashi em que Itachi não descobriu que o Kakashi era Bunshin , fora que mesmo se o Madara soubesse quem é o real , ele ainda teria diversos bunshins em modo RM , SM , base e sapos em sua cola .
Com o Mokuton, Madara se protegeria bastante do modo Kyuubi Full e pelo fato de que aparentemente o Naruto não pode sair de dentro da massa de chakra da Kyuubi, se Madara prender a Kyuubi no Mokuton, Naruto não teria saídas a não ser não usar a Kyuubi Full.
Naruto com um pouco de chakra da Kyuubi destrui o Jukai Kotan , ninjutsu de mokuton mais forte mostrado , sendo assim o que ele faria na Kyuubi Full ? Com a velocidade deste modo o Naruto Bijuu Mode poderia facilmente escapar das investidas mokuton ou então dispersa-las , destrui-las com seus Rugidos de Chakra ou ataques físicos em ultimo caso Bijuudama devastaria tudo , não só isso como tambem Naruto poderia desativar este modo e reativa-lo ou optar ficar somento com o Manto RM 2.0 (que nem quando ele repeliu as bijuudamas) e mesmo no modo Rikudou Mode Naruto teria diversos meios de lidar com isso , fora seus sapos que poderiam lhe ajudar.
No Rikudou Mode, o Madara pode usar o rinnegan para absorver o chakra do Naruto (partindo do ponto que o chakra da Kyuubi exposto ali possa ser absorvido tal como Nagato absorveu o chakra de Bee).
Duvidoso isso e como disse Naruto com ajuda da Kyuubi pode simplesmente fazer clones e mais clones assim como varios Sapos , sendo assim , golpes que fazem o Madara manter o foco em um oponente , como retirar alma , interrogatorio , sugar chakra , seria uma faca de dois gumes para o Madara , já que o deixaria vulneravel.
Resumindo: o Mokuton desequilibra bastante a batalha... acredito que o fator Mokuton dificulta demais a vida do Naruto nesse novo modo dele, e o modo novo do Naruto é o que o deixa no nível de poder Madara / Hashirama / Minato, então o Madara, graças a suas várias habilidades, venceria essa batalha contra o Naruto.
Bem no post acima do seu expliquei como o Naruto com auxilio da Kyuubi pode lidar com todas tecnicas do Madara , isto levando em conta só o RM , e se necessario postarei utilizando manto RM 2.0 .