Cara ele ficou com a visão meia afetada porque foi a segunda vez que Sasuke usou o amaterasu e a técnica já e um Kinjutsu que afeta o usuario deixando a pessoa cega quanto mais utlizam.Então ele não esta acostumado com tanto poder em uma habilidade ocular.E tb lutou contra o Itachi e um prazo pequeno enfrento o Hachibi era dê-se esperar que isto acontece-se.O corpo do Sasuke pode sim estar sofrendo uma rejeição a utilizar tamanho poder,dizem até o senso popular de que quando o corpo não demonstra que algo errado e pior do que vc ser rapidamente diagnosticado por uma dor.No caso o corpo esta demonstrando isso com um lapso de má focabilidade do olho.