Tenho duas teorias,e a do Obito foi muito incompativel com as dtas dos acontecimentos da serie,vou postar a minha 1°teoria,Obito é Izuna:
Madara sobreviveu até a época do nascimento de Nagato,porém ele queria terminar o plano "olho da lua" mas ele estava muito fraco para isso,então com um pouco do chakra que lhe restava ele trouxe Izuna de volta a vida,para que Izuna continuasse o plano em sua falta,mas mesmo depois de ter sido trazido de volta a vida ele estava sem os olhos que estavam com o irmão,pois Izuna não havia morrido por causa da troca de olhos mas ele foi morto por um ninja desconhecido.Madara passa todo o controle do plano a Izuna que lhe questiona o pq de Izuna não poder ficar com o Rinnegan para si e Madara responde que como o rikudou Sennin era um Uzumaki talvez o Rinnegan seja atue mais forte em um descendente deste clã e sabendo manipular os acontecimentos,esse Uzumaki que seria Nagato ajudaria Izuna para completar o plano com mais facilidade,mas Madara da um alerta a Izuna de que um tempo depois esse Uzumaki deveria trazer Madara de volta a vida para que Madara assumisse o plano junto com Izuna.Madara mostra um par de Sharingans para Izuna e diz que eles só poderam ser usados durante algum tempo,pq o modo como Madara trousse Izuna a vida foi imperfeito e depois de alguns anos Izuna teria que transferir sua alma para outro corpo.Assim Madara morre e deixa o Rinnegan para Izuna colocar em Nagato que assim o fez.
Depois de agir conforme as ordens de Madara,Izuna arma um plano e faz com que Yahiko funde a Akatsuki....
De repente o corpo de Izuna começa a "rejeita-lo" fazendo com que Izuna percebesse que ele precisava trocar de corpo rapidamente.Em um momento durante um de seus "passeios" Izuna acaba encontrando o corpo de um menino do clã Uchiha debaixo de uma pedra enorme,esse garoto era Obito que ainda estava vivo mas "quase assinando o contrato com a morte".Izuna então,remove a pedra do corpo de Obito e utizando algumas celulas de Hashirama que Madara tinha,conseguiu reconstruir a parte danificada do corpo de Obito salvando assim o garoto da morte,porém naquele momento ele se ve obrigado a trocar de corpo rapidamente e resolve utilizar o corpo de Obito,obtendo assim o controle total sobre o novo corpo e controle sobre a mente de Obito,tendo acessos assim a suas memorias.
Com o tempo,utilizando o mesmo treinament que usou para coneguir o Ms dele,ele consegue "destravar" o MS de Obito e descobre assim o Kamui e como controla-lo e como evolui-lo.
Apos esse dia ele começa a utilizar uma mascara para esconder o rosto,e em uma tentaiva de pegar a Kyuubi no Nascimento de Naruto acaba sendo ferido gravimente tendo que fugir de lá.Porém ainda possuindo as celulas de Hashi ele consegue reconstruir o braço e volta ao normal.Depois daquele evento em que Minato o chama de Madara ele resolve deixar o cabelo crescer para ficar com a aparencia do irmão,faznedo assim com que Itachi e Kisame pensassem que Madara ainda estava vivo.depois do massacre dos Uchihas Izuna acaba recolhendo os Sharingans dos Uchihas mortos e acaba implantando um no lugar do olho que Kakashi "pegou".
Depois de um tempo,ele se encontra com Orochimaru que lhe propõe uma troca que se baseaa em Izuna dar algumas celulas e Sharingans para Orochimaru e em troca Orochimaru lhe daria um Senju(Nawaki) que ele modificou utilizando celulas de Hashirama esse Senju se tornou um Zetsu que ajudaria Izuna a terminar o plano olho da lua,então eles fizeram a troca e Zetsu(Nawaki) se tornou o ajudante de Izuna durante o plano..o resto da história vcs já conhecem
depois eu posto teoria de Tobi ser Obito pq essa do Izuna ja me cansou!