Pensando cuidadosamente nós temos a resposta disso aqui, se a Kyuubi estivesse TOTALMENTE restrita, eu acreditaria na vitória dos irmãos, entretanto NO mostrado, não é bem assim.
Itachi usa o Susano'o apenas em casos de vida ou morte, as chances de ele ser marcado sem conhecimento algum são ENORMES, o emo é outro, quando ele faz uma luta NORMAL, como foi com Bee, ele começa lutando de maneira normal, com Sharingan e taijutsu, aliado ao Chidori, se ele entender que não vai dar, ele começa a apelar para o MS, o problema é que em SM a força do Naruto é MUITO maior que a do emo, quando ele partir para o taijutsu, mesmo com o sharingan, se sofrer um golpe no meio como Gakido sofreu do Naruto, ou como Nigendo sofreu do Jiraiya, ele ficaria quebrado no chão, além de Paw e Maw poderem dar um ótimo suporte.
PS:Acho que deveriam parar de desconsiderar a fusão sennin, porque a única coisa que impedia isso era a Kurama que rejeitava o chakra do Paw, agora que a Kurama está como "imrão" mais velho do Naruto, não teria problema algum em haver essa fusão.
Agora imagina um clone em SM fundido a Paw e Maw, quatro ou cinco clones em RM, e o original em RM2.0, só isso seria suficiente para vencer os dois Uchihas ao mesmo tempo no mostrado, com Minato vira surra, o Naruto ganhou ups muito interessantes para lutas em equipe, ele pode carregar os aliados, e pode colocar mantos aumentando em 3x a força dos jutsus.
Com a Kyuubi podendo fazer o que bem entender, só não podendo usar o modo bijuu, vejo vantagem esmagadora do Yondaime e do Uzumaki, se quiserem Naruto poderia criar 25 clones em RM e SM, ou todos em RM, e deixar os mesmos brincando com os irmãos, enquanto ele e Minato apenas olham.
E pasmem, clones são uma fraqueza gigante aqui, porque os clones do Naruto podem desviar do Amaterasu, podem sofrer Tsukuyomi a vontade, mesmo sendo do Itachi, porque são clones, podem desviar facilmente dos golpes do Susano'o, e ainda tem todas técnicas do original, Minato pode fazer apenas o suporte esperando a chance de marcar alguém.
Com a Kurama em jogo não tem adversário pro Naruto, pelo menos não desse nível, só Madara, Hashirama e Obito, os dois primeiros superiores ainda ao meu ver, e o ultimo nivelado.