Se eu tivesse de mudar alguma coisa em uma dessas batalhas, seria na luta do Madara vs Kages. Desenvolveria mais as habilidades dos kages, mostrando o porquê de merecerem seus títulos. Esta batalha foi trucidada pelo Kishimoto, acredito que para mostrar os poderes do Madara contra o Naruto. Porém, mesmo assim, eu queria que fosse revelada a trajetória da batalha até o estado final dos cinco, principalmente da Tsunade.
Não iria querer mudar o resultado da luta, mas sim o desenvolvimento da mesma. E também colocaria os kages para darem trabalho para o Madara, pelo menos médias dificuladades.
Outra também que eu mudaria seria Jiraya vs Pain. Colocaria o Jiraya para ter MS completo e não parcial, como o que ele tinha. Ninjas com modo sennin deveriam ser sensores, porém o Jiraya não mostrou sentir o chakra do Pain atrás dele em alguns momentos da luta. Além disso teria feito o ero-sennin lutar com os seis duma vez, derrotando pelo menos uns quatro. E no final daria um fim ao Jiraya digno, porém passivo de mudanças, para depois trazê-lo de volta na guerra.