Eu acho que a resposta dessa pergunta é "Cultura"
Não se esqueça que Naruto é feito no Japão, no extremo oriente, em uma cultura muito diferente da ocidental e mais diferente ainda da nossa (brasileira)
Muitos citaram ser algo do Kishimoto, mas eu já vi vários personagens em outros mangás que também são estilo o Sai, o Haku que apresentam traços ou algo bastante feminino.
Eu acho que essa questão é algo enraizado na cultura/literatura japonesa, assim como comercial de cerveja com mulher bonita é na nossa.
Agora se você me perguntar o porque de existir personagens que como o Haku que tem aparência totalmente feminina mas ser homem e isso ser uma coisa normal lá?
Eu não tenho a menor ideia, mas acredito apesar de ser um leigo que tem haver com o fechamento/tradicionalismo que sempre imperou na sociedade japonesa, diferente daqui lá "família', "honra", "país", "pais" tem um significado muito mais sério.
Então por ser um povo bastante fechado, eu acredito que essa fusão entre o masculino e o feminino, tem haver com uma forma de ser mais livre e de tocar em certos "tabus"