Na minha opinião, vai haver uma batalha enorme e emocionante de se ver entre o Madara e a Aliança, mas eles não vão matar o Madara no final.
Pense comigo: Desde do ensinamento que Nagato deu ao Naruto, na saga Pain, que Naruto olha as coisas da maneira diferente. Foi tentar dialogar com o Raikage para salvar o Sasuke, tentou dialogar com o Tobi na altura, para o mesmo não criar a guerra, e após isso ainda recebe mais um ensinamento de Itachi. Chega-se à guerra, ele fala com Obito quando é jinchuuriki, conseguindo-o converter. E repara, não é converter: É mudar a maneira de pensar, através do diálogo. Nenhum ser humano está 100% certo com o que quer, nem mesmo os vilões.
Pense comigo: O que faz vilões serem vilões, é o facto de eles terem sentido a dor.
Repare que, Nagato foi vilão por ter sofrido devido a Konoha duas perdas gigantes: Pais e Yahiko.
Obito foi vilão, porque perdeu a Rin, tendo perdido também a fé neste mundo. Madara foi vilão, porque Izuna se sacrificou por ele, tendo ele depois mudado de opinião e se juntado a Hashirama, ou seja, ficou aquela tristeza do tipo: "O meu irmão sacrificou-se por mim, e no fim estamos a viver às custas dos Senju's".
Ou seja, todos os vilões têm uma fraqueza, e um motivo por serem vilões. E o verdadeiro objetivo de naruto, é passar essa ideia, passar a ideia que as coisas não se alcançam apenas lutando, mas com espirito e diálogo.
Então, pode-se preparar, Madara irá mudar de opinião e se juntar à aliança como o bem, ou matando-se por saber que o que ele fez não tem solução.
E é aí que entra outra coisa da minha teoria: Já reparou os personagens importantes que morreram? Nagato, Itachi, Neji, Gai (irá morrer provavelmente, se bem que eu ainda tenho esperança que o manto da Kyuubi de alguma forma o salve), entre outros.
Eu penso que se Madara poderá matar-se renascendo todos os que morreram por sua culpa até hoje, de algum jeito ou de outro. Ou seja, ou se junta à aliança, ou renasce todos.
E é a melhor maneira de acabar um anime, que é considerado um dos que tem melhores ensinamentos para os Adolescentes, principalmente. Quem não gostar da ideia, sugiro que não leia o final, pois a probabilidade disto acontecer é elevada.