Estão viajando.
A árvore deveria ter uns 500m de altura, é claro que todo mundo sabia sua localização.
O Kishimoto se inspira em praticamente todas as grandes religiões mundiais. Essa parte da história obviamente foi baseada no relato Judaico/Cristão da criação. A Árvore de Chakra, assim como a Árvore do Conhecimento, tinha um fruto cujo consumo era proibido [por isso o Eremita diz que sua mãe cometeu um "pecado" ao comer o fruto]. Assim como a mulher no Éden, Kaguya comeu o fruto pois almejou o que ele lhe traria, sem medir ou se importar com as consequências [revolta do Juubi, aumento do poder de fogo e consequentemente a mortalidade das guerras, etc.]
A questão é que não é possível que uma mulher que tenha comido o fruto da árvore seja mais forte do que aqueles que tenham selado a "árvore inteira" dentro de si. É uma questão de lógica. E mais, como o Madara explicou, a real finalidade do chakra era conectar as pessoas. Como fundador do Ninshu e aquele que lançou as bases para uma futura paz mundial, o Eremita em muito já excedeu qualquer outro personagem conhecido do mangá.
Mas por mais que o Eremita negue ter sido o criador do Ninjutsu, ele não lutou contra o Juubi com um bodoque. Provavelmente seus estudos o levaram ao domínio e a manipulação completa do chakra, que bem ou mal também lançou as bases do Ninjutsu. Eu particularmente sigo a linha "Cap. Nascimento", só vive em paz quem aprende a lutar, então não vejo contradição nenhuma nele professar a paz, fundar o Ninshu e usar Ninjutsu, nem que seja uma versão arcaica.
Mas a questão do tópico é: Kaguya era mais forte que o Eremita? Impossível. Nem mais forte que ele, nem mais forte que o irmão dele. Kaguya conseguiu seu "poder" assim como Eva, comendo uma fruta, e reinou sobre um povo sem jamais ter de reafirmar seu domínio, já que ela não possuía oponentes à sua altura. Seus filhos, por outro lado, lutaram contra uma força provavelmente maior do que a deles, e só foram capazes de ganhar por que, diferente do Juubi, eles não eram uma "força inconsciente da natureza", mas homens pensantes e estrategistas que desenvolveram técnicas marciais capazes de derrotá-lo. Só isso já faz eles mais fortes do que a mãe, depois de terem virado o jinchuriki do Juubi então nem se fala.
E pra finalizar, é assim que as coisas são. Isso aqui é Shonen, então se contentem com vários Shikamarus colocando "karatê girls" na linha ou parem de ler o mangá. Mas eu acho que estão chorando à toa, o Kishimoto dá até atenção demais às Kunoichis.