Existe uma diferença entre a efectividade das celulas do Hashirama em Madara e nos demais.
Madara implantou em si mesmo as celulas do Hashirama, quando nelas ainda corria o Chakra do Ashura (Hashirama vivo).
Com isso Madara conseguiu reproduzir na integra o poder do Rikudo...alem do facto dele ser a reencarnação de Indra.
Obito teve celulas do Hashirama cultivadas (as celulas que Madara reproduziu, usando Gedo Mazou e criou os zetsus).
Nessas celulas não havia chakra do Ashura porque o ciclo de reencarnação já havia sido concluido (Hashirama estava morto e um novo Ashura estava para surgir).
Com isso o que o Obito herdou das celulas do Hashirama é somente o potêncial Cru do Hashirama e as capacidades já comuns do clã senju.
em outras palavras. (Vitalidade, stamina, Bust no chakra, e recuperação a niveis incríveis).
Como ele não era Senju de todo, ele recebeu tudo isso de forma bastante limitada, não como o Madara que viveu por mais 80 anos e conseguiu aceder ao poder dos deuses.
Nagato, foi um shinobi que Madara escolheu a dedo, segundo Madara ele era de descendência Senju., mas também era Uzumaki.
Logo ele completava os clãs irmãos que uma vez já haviam se separado.
ele podia não possuir habilidades de cura no mesmo nível que Obito e Madara, mas possuía muito mais poder que o primeiro (Obito).----(chakra, stamina, vitalidade tudo superior ao Obito)
Logo para ele o Rinnegan era mais viável que o Obito.
Outro factor é que Nagato era o Garoto da profecia, tal e qual Naruto, segundo o sapo ancião.