Biel Uzumaki, como o mangá não segue a realidade, é possível que eles tenham ido para o centro da Terra, mas pelas falas e atitudes dos Hokages, creio que eles estão ainda no mesmo local, porém, transformado.
Veja essa imagem do início do ataque da Kaguya:
Sasuke e Naruto são desenhados no ar, assim como Sakura e Kakashi. Isso da a entender que ela "puxou o tapete" que estava sob eles, e esse tapete era o solo. Em outras palavras, ela fez o que o Kakashi disse, ela invocou outro "cenário". Mas a localização é a mesma pois não creio que ela possa teletransportar toda a árvore que está sugando a vitalidade das pessoas, Sasuke, Naruto, Kakashi e Sakura para o centro da Terra.
Não estou questionando se ela tem ou não a habilidade de teletransporte, mas teletransportar pessoas e objetos imensuráveis sem tocá-los creio que não seja possível.