Zetsu sem dúvidas!!!
Tirando o Orochimaru, acho que os demais vilões foram criados, tendo em vista a "ozadia" dele.
Zetsu criou o Madara, que por sua vez criou o Obito e, após, criou o Pain e, esse, fundou a akatsuki.
O cara mandou praticamente no mundo.
Tudo bem que ele não matou ngm, nem fez experimentos com crianças e tal, mas as mortes ocasionadas por suas proles ( madara, obito, pain), faz com o que ele tenha um pouco de culpa.
Ele é aquele vilão que não tem muito poder de fogo ( pelo menos até o momento), mas o que lhe falta em força, lhe acrescenta em inteligência, pois com ela, ele fez nascer os piores vilões do enredo.
E, ainda, há a possibilidade dele ta "controlando" também a Kaguya.
Por isso, pra mim, ele é o meu vilão preferido, sem ele, os outros jamais existiam