Depende. O que vejo é que na parte final do mangá a história se desprendeu dessas questões morais e tudo mais, e isso fica claro, a única coisa que permaneceu foram os ideais do Naruto e tudo mais.
Quanto a questão do trabalho duro superar os dons, não acho que o mangá tenha tentado exatamente passar essa imagem, de que trabalho duro supera os dons, afinal ter dons não é absurdo nem proibido, nem mesmo ilógico; Gai e Lee seriam praticamente os sem nada, os mendigos de poder, mas conseguiram ser tão fortes quanto a maioria dos shinobis do mangá. Então se entendermos que o mangá deu a entender que Shinobis como eles podem estar entre os mais fortes, então sim, Isso está errado e essa moral falhou; mas se entendermos que o mangá nos diz que um "zé-ninguém" pode se tornar forte até onde for possível, então isso permanece intocável.
Eu interpreto da segunda forma, Considerando Gai, Lee e Tobirama como os mais esforçados, os 3 são relativamente fortes, muitos outros como Oonoki, Kisame, Itachi, Naruto, Kakashi, Sakura e etc, se tornaram shinobis fortes, uns com mais dificuldades por diferentes motivos, o que resulta em mais esforço pra chegar a tal nível, e outros por diferentes motivos, e que conseguem ser fortes mesmo sem ter dons ou destino lhes capacitando pra isso, eu particularmente não acharia justo deixar o Itachi de fora por ser Uchiha, por ter o Sharingan na sua genética nem nada parecido.
A maioria absoluta dos shinobis em Naruto são medianos com variantes de poder, apenas os principais distorcem esse ideal, Naruto, Sasuke, Madara, Hashirama, Obito e etc, Chegando a ter "nível God", o que é uma consequência do enredo do mangá, principalmente pela introdução de um ser de poder massivo como o Juubi e os poderes obtidos pelos que o controlam.
Como dá pra perceber, a maioria desses são mais poderosos não apenas, mas também por enredo, e isso por vários motivos acaba se misturando com a questão do destino e tudo mais.
Quando a questão do destino, esse é o ponto em que o mangá inverteu seu ideal inicial. No começo, na própria luta do Neji vs Naruto, o ideal de que cada um era dono do seu próprio destino e capaz de escrever sua próprio história era o que foi passado. Do meio pro final o que era passado era justamente o contrário, tendo como ponto inicial a Luta e toda a história envolvendo Naruto vs Nagato, O conto do garoto da profecia e etc, logo após Obito contando a história dos irmãos a Naruto e dizendo que ele e Sasuke estavam destinados a lutar.
Basicamente esse é sim uma moral de história que foi corrompida, porém novamente por enredo, como dá pra ver, são apenas os principais que se enquadram a essa questão. Essa história das Reencarnações de fato dá pra entender, já que existem reencarnações diretas, é compreensível a ânsia dessas reencarnações por essa luta, mas de fato é algo que contradiz a proposta inicial.
Principalmente porque a proposta inicial era ligada ao protagonista, que foi justamente o Predestinado da história.
Quanto a questão de ninguém nascer predisposto ao mal, vejo esse conto dos Uchihas como ladainha mesmo e nada mais.
Os Uchihas tiveram mais destaque na história que todos os outros clãs e genéticas do mangá, e vejo isso como um meio ridículo de justificar o "gene mal" de uns e outros integrantes do Clã, descaracterizando os mesmos como indivíduos dentro da história, foi uma forma de dizer que todos os membros do clã tinham a pré-designação de fazerem o Mal por amor ou algo assim, basicamente um meio de levar pro lado certo e bonzinho da história Sasuke, Madara e Obito, apenas isso nada e nada mais.
Então basicamente, quanto a isso, eu vejo mais como uma brecha falha na história, apenas isto, visto que o Clã era de fato bom, comum, e nada além disso.
Concluindo, é como eu disse, o mangá se desprendeu de ideais e tudo o que o envolvia, mas basta entender que algumas coisas na história precisaram ser revistas devido ao enredo e o que se fazia necessário, então sendo claro, quanto aos 3 pontos propostos, em minha interpretação, 1 eu não concordo, 1 está correto e o outro eu vejo como uma falha.
