Das três opções que você deu, fico com a terceira.
Kishimoto disse, certa vez, que era um tanto difícil desenhar o Sasuke. Ele caprichou tanto no Uchiha que mal conseguia desenhá-lo com a mesma perfeição novamente. É como aquela cesta que você faz de costas e um amigo diz que você nunca mais conseguirá fazer novamente.
A aparência dele é uma de suas principais características, e creio ter sido algo pensado pelo Kishimoto. Além de o Sasuke ser o Sasuke (if you know what I mean), a rivalidade entre o Uchiha e o protagonista do mangá foi alimentada pela aparência do Sasuke, enquanto eram crianças: de um lado, o ninja habilidoso, elogiado pelos professores, bonito e que fazia sucesso com as garotas; do outro, o ninja reprovado nos exames, que levava muitas broncas, feio e que as garotas odiavam.
Com o passar do tempo, Sasuke continuou sendo elogiado pelas personagens do mangá (Karin, Mei, Sakura, Ino, algumas randons, até a filha da Karui o achou muito atraente), o que indica que Kishimoto realmente se importou muito com a estética dele e não quis deixá-la de lado.
Então não acho que o motivo seja sua genética (embora faça sentido, já que os Uchiha são parecidos) ou somente o cabelo, a beleza dele é uma de suas principais características, obviamente dada propositalmente pelo autor da obra.
Agora, não preciso nem dizer que a beleza está nos olhos de quem a vê, certo? O bonito, o feio, o estiloso, tudo isso é relativo. Há pessoas que acham a Hinata bonita, eu não vejo beleza praticamente alguma nela. Há pessoas que acham o Kisame bonito/estiloso, mas eu não vejo beleza alguma nele, e assim vai, com praticamente tudo nessa vida: carros, cores, casas, roupas, cortes de cabelo, paisagens, pessoas, animais, jóias etc etc etc etc.