É muito simples, Naruto tinha um Manto de Chakra que serve para defesa. E nos dois casos ele concentrou seu Manto para aumentar a Defesa, oras.
Se coloca-se a Nunoboko daria no mesma. O Susanoo de Sasuke SEM Senjutsu foi Desintegrado contra a Gudodama, e depois COM Senjutsu não foi. Minato não tinha nenhuma defesa de Chakra feita de Senjutsu.
Vários KB do Naruto usando esse mesmo Manto + SM foram destruídos por GD do Toneri...
Cara segundo sua lógica o Manto é apenas um adicional... Porque quando o corpo está em Sannin Mode ele está preenchido por senjutsu, no caso o Proprio corpo se torna uma defesa contra Onmyoton, e se voltarmos mais atrás podemos ver que o SM da até uma certa invulnerabilidade a ataques (Naruto estilhaçando as Haste negras), então o Manto não é desculpa. Bom vamos fazer uma comparação:
Coloquemos a espada Nunoboko no lugar da Kirin Tensei Baku, aí eu te pergunto será que o Braço do Naruto estilhaçaria a Nunoboko? Tudo vai depender da sua resposta. Se você disser que o braço do Naruto tem o mesmo poder destrutivo que a Espada do Susanoo ISO + Kyusano + Senjutsu aí a gente encerrar essa discussão aqui. Se você disser que não aí você vai estar começando a entender o que eu digo.
Bom realmente técnicas feitas de SM não são anuladas por Onmyoton, mais será que Onmyoton esta presente apenas na capacidade de anular jutsus? Não. Será que o SM anula as GD? Não.
Será que o SM anula o Onmyoton que é um dos responsáveis pela resistência das GD?
•Não! Tal que Sasuke e Naruto tiveram que usar o máximo de cada um para lidar com as GD
Será que o SM anula o Onmyoton que manipula a forma e da potência as GD?
• Não! Tal que Madara conseguiu cortar o braço do Minato, tal que a espada Nunoboko resistiu por um bom tempo aos ataques de espada do Kyusano.
Será que SM anula as GD?
• Não! Tal que a técnica mais poderosa de Kaguya deixou Naruto sem reação.
Então está aí tua resposta, só o SM do Naruto não é resposta para o porque ele ter defendido o Kirin Tensei Baku. A não ser dizer que Toneri não tenha Onmyoton que é o que potencializa as propriedades da GD.
E caso como:
1° Odama Rasen Taregan sendo inútil contra a Cúpula, mais cenas anteriores dois Rasengan Convencional sendo capazes de destruir projéteis de GD azuis. Só implica em fazer eu acreditar que Toneri não tenha total controle sobre o Onmyoton.
@Sam reveja a cena, o FRS não desapareceu do Nada, ele só foi empurrado junto a GD para fora da cena, tanto que nem é mais visto a GD junto ao FRS na cena.
Tópico Eu aposto no Toneri, mais isso não muda o fato de que estejam tentando upar o otsutsuki...