Bom, eu afirmo por mim que é um misto de todos esses motivos, mas vindo como o principal, sua personalidade. Um belo exemplo disso é a Hinata: Ela é uma personagem foda no quesito de poder, tem um estilo de luta bonito de se assistir, porém, o que peca é justamente sua personalidade. Hinata é tímida, insegura e a própria se limita e por conta disso, passamos a preferir o Neji, que é basicamente um clone da personagem, com a diferença em sua personalidade.
Outros exemplos do que eu digo que se encaixam perfeitamente é: Sakura, Kiba, Ino do Clássico e derivados. Ambos tem tudo para serem personagens fodas, mas o que pecou sempre foi sua personalidade. Sakura no Clássico é o que todos chamam de inútil, mas suas habilidades na época é o mais próximo de um ninja que qualquer personagem chegou a apresentar. Ela tinha um taijutsu aceitável, um ótimo controle de chakra a ponto de deixar Naruto e Sasuke para trás e era ótima com os clones ilusórios e boa em criar armadilhas, mas, como sempre, sua personalidade era o que estragava a personagem e isso se prolongou até o Shippuden, principalmente no arco do Taka. Ino e Kiba, digo o mesmo! Os mesmos eram bons? Eram! Mas seu egocentrismo deixavam os personagens totalmente irritantes, principalmente se tratando do Inuzuka, já que a Ino tinha um jutsu completamente foda em seu arsenal.
Eu, por mim, não é fútil gostar de um x personagem por sua arrogância, aparência e derivados, nem todo mundo gosta de um personagem por questão de poder. Meu caso por exemplo, minhas personagens favoritas da obra são a Mei e a Tsunade. Elas pecam bastante se comparado a kages médios e altos, mas além das mesmas corresponderem a todos os fatores citados acima, é bonito ver personagens femininas poderosas e seguras de si em uma obra que "beira" o machismo. Konan e as godaimes são belos exemplos disso e temos até mesmo a Chocho que veio para dar uma militada em Boruto.
E não menos importante: Por qual motivo desprezamos\não gostamos de X personagem (mas que alguns gostam)?
Por mim, novamente, digo que é justamente a personalidade e seu poder, e talvez até mesmo o fato de um personagem não corresponder ao seu cargo, como é no caso de Chojuro e Kurotsuchi. Mei e Tsunade também são personagens que sofrem bastante disso e isso pelo fato de Tsunade não ter ido lutar diretamente contra Pain e a Mei por supostamente arregar para Madara. Danzou por exemplo é um personagem que chega a ser desprezível em questão de personalidade, mas é um personagem muito bem trabalhado, apensar de não ter, na minha visão, importância na obra. Outra coisa que também colabora bastante é suas metas de vida/objetivos e seus motivos para fazerem o que fazem: Sasuke, Madara, Danzou são fortes exemplos disso, mas o fato é que sempre vai ter alguém que aprecia personagens como estes.